Xhuliano Brace 氏、Rhizome Research チームの CEO 兼共同創設者。 （根茎の写真）
Xhuliano Brace 氏は、AI を使用して新薬を設計するという「反対の」アプローチを追求する 30 歳未満の創業者 2 人にベンチャーキャピタリストが多額の小切手を渡すつもりはないことにすぐに気づきました。
だから彼は自分自身に賭けているのだ。
Amazon で 4 年間 AI プロジェクトに取り組んだ後、Brace 氏は自らのビジョンに資金を投入するためにテクノロジー大手を辞めました。彼は個人の貯蓄とオンライン取引で得た収益を使い、カスタムメイドの小さな薬のような分子を開発するシアトルに本拠を置く新興企業、リゾーム・リサーチに6桁の金額を投資した。
このスタートアップ企業は従業員 5 人で構成されており、昨年立ち上げた後、最近静かな状態から脱却しました。アルバニー大学で数学、コンピュータ サイエンス、経済学の学位を取得した CEO の Brace 氏に加えて、Rhizome のリーダーシップには次の人物が含まれます。
共同創設者兼主席研究員の Yiwen Wang 氏は、カーネギーメロン大学で化学の博士号を取得しています。グレゴリー・シネンカ氏は物理学博士であり、ヨーロッパ研究センターとジョンソン・エンド・ジョンソンで働いていた上級技術専門家です。ベーリンガーインゲルハイムの医薬品化学部門の米国元ディレクター、ジョン・プラウドフットが科学顧問を務めています。創薬への異なるアプローチ
Rhizome Research の共同創設者兼主任科学者 Yiwen Wang (左) と主任技術専門家 Gregory Sinenka 氏。 （根茎の写真）
Rhizome は、既存の分子構築ツールを使用する代わりに、r1 と呼ばれる独自の微調整された基本モデルを構築しました。このテクノロジーは「グラフ ニューラル ネットワーク」であり、8 億個を超える薬物のような小さな分子で訓練されています。
このアプローチは、ワシントン大学のタンパク質設計研究所によって作成された人気のある RoseTTAFold モデルとは異なります。このモデルの中核は、タンパク質を構成するアミノ酸に基づいています。
r1 モデルは、分子とそのトポグラフィーを構成する原子と結合に焦点を当てています。ここでグラフのアイデアが登場します。原子はグラフ上の点に似ており、結合は接続線に似ています。
チームは、顧客が指定した標的に結合するように最適化された小分子を生成することにより、フラグメントベースの創薬を実現することを目指しています。これらは、各薬剤候補が研究室で効率的に合成でき、特許保護の対象となることを保証します。
Rhizomeは先週、自然言語命令を使用して生体分子間の結合をシミュレートするオープンソースの自動AIツールであるADAMSを発表した。また、高度な自由エネルギー計算を使用して、小さな分子がターゲットにどの程度強く結合するかを予測する物理ベースのシミュレーションである MolSim も共有する予定です。 MolSim はオープンソースではありません。
シアトルハブのビジョン
Rhizome は最近、同社が設計する潜在的な医薬品の実際の性能を検証できる研究所とのパートナーシップを確立し、顧客との関係を模索しています。
Brace は、起業家で投資家のアビエル ギンズバーグによって設立されたシアトルを拠点とするスタートアップ コミュニティである Foundations によって支援されています。 Rhizome の他の従業員はリモートで働いていますが、計画では人々をワシントンに呼び寄せることになっています。
「シアトルを低分子創薬の中心地にしたいと思っています」とブレイス氏は語った。
同氏は、アレン研究所、プロテインデザイン研究所、その他のシアトル地域の組織を主要なプレーヤーとして指摘した。この地域には、Pauling.AI、Synthesize Bio、サンフランシスコに本社を置き、シアトルに研究所を構える Xaira Therapeutics など、関連する医薬品設計スタートアップ企業の本拠地もあります。
ブレイス氏は、人類に有意義な影響を与える可能性のあるプロジェクトに取り組む機会に元気をもらっており、この取り組みに私財を投資したことを後悔していないと語った。彼は、医療、材料科学、先端製造のいずれの分野においても、分子設計における AI の使用については概して楽観的です。
「これは最も興味深い問題領域です」とブレイス氏は言います。
